Родился 28 сентября 1863 г. в д. Клепенино Тверской губернии в семье военных. Учился в реальном училище, затем окончил Горный институт. В 1888 г. переехал с семьей в Иркутск и поступил на работу в Иркутское горное управление, долгое время был единственным штатным горным геологом Сибири.Вначале занимался разведкой угольных месторождений на одном из притоков Ангары, затем исследовал залежи графита на байкальском острове Ольхон. Также изучал запасы слюды, синего камня – ляпис-лазури и золотоносные районы.
По поводу происхождения Байкала склонялся к старому мнению, высказанному еще академиком Палласом, что озеро образовалось ввиду огромного и глубокого провала в земной коре, а не является результатом сжатия силурийских складок, как предположил геолог Черский. Считал, что новые данные говорят о том, что озеро, очень молодое и в современной форме, возникло не ранее современного геологического периода, хотя впадина начала уже создаваться в юрский период. Эту точку зрения В.А. Обручева поддерживали многие ученые, в том числе А.В. Львов и И.И. Тетяев.
Ученый внёс большой вклад в популяризацию науки. Вёл просветительскую работу среди молодёжи, поддерживая контакты со школами и Домами пионеров. Известна его переписка с учителем-краеведом Н. М. Ревякиным, создателем Хужирского краеведческого музея на Байкале.
Вот так писал В.А. Обручев о Байкале: «Нашим глазам представилось чудесное зрелище, которое перо мое не в состоянии описать должным образом. Почти у наших ног лежало кристальное зеркало Байкала. Посреди него поднимались голубые горы острова Ольхон, а вдали, полускрытые прозрачной туманной дымкой, мерцали восхитительные очертания возвышенностей противоположенного берега, точно серебряная резная оправа драгоценного зеркала. Если бы в этот миг солнце проглянуло хоть на секунду сквозь тучи и озарило великолепную картину там, внизу, пурпурно-золотыми вечерними лучами, я бы, наверное, вскрикнул: «Увидеть Байкал и умереть!»Байкаловедение. Кн. 1. / Российская академия наук, Сибирское отделение; авт. О. Т. Русинек [и др.] ; ред. Е. В. Скляров [и др.]. – Новосибирск : Наука, 2012. – 466 с. : ил.
Обручев, В. А. В старой Сибири : сб. статей, воспоминаний и писем 1888-1955 / В. А. Обручев. – Иркутск : Иркутское книжное издательство, 1958. – 296 с.
Обручев, В. А. От Кяхты до Кульджи. Путешествие в Центральную Азию и Китай. Мои путешествия по Сибири [Текст] / В. А. Обручев. – Москва : Эксмо : Око, 2015. – 480 с. : ил.
